La paroisse religieuse de Saint-Thomas de Montmagny couvrait le territoire des anciennes seigneuries de la Rivière-du-Sud et de l'Épinay, ainsi que du fief Saint-Luc. Et la Seigneurie de la Rivière-du-Sud, de beaucoup la plus considérable des trois concessions, fut cédée en 1646 au Sieur Huault de Montmagny, premier gouverneur de la Nouvelle-France. C'est de là que notre ville tire son nom, Les premiers colons vinrent s'établir à Saint-Thomas vers 1678. C'est à cette date, en effet, que Guillaume Fournier, marié à Françoise Hébert (fille de Guillaume Hébert et petite fille de Louis Hébert) vint se fixer dans la région.

Une photo d'une fresque située dans le salle Mgr Painchaud (sous-sol de l'église). Oeuvre de René Roy. Photo de Jean Beaulieu.

En 1679, les colons contruisirent une chapelle à peu de distance de l'endroit où la rivière À-la-caille se jette dans le fleuve. On voudra bien remarquer que, dans ce temps-là et durant près d'un siècle encore, la petite vallée de la rivière À-la-caille était le centre des activités de la paroisse de Saint-Thomas.
L'abbé Joseph-Thomas Morel fut le premier desservant de Saint-Thomas de 1679 à 1686. La tradition veut que ce soit en son honneur que la paroisse porte le nom de Saint-Thomas.
La première église fut construite en 1685, encore à la Pointe-à-la-Caille, sur un terrain donné à la fabrique par le Sieur Guillaume Fournier. Elle fut bénie en 1686 par Mgr de Saint-Valier, alors évêque-élu de Québec.

C'est en 1714, le 29 octobre, que la paroisse fut érigée canoniquement par Mgr de Saint-Valier. L'abbé Charles Hazeur Desauneaux en fut le premier titulaire et curé résident. L'église, en bois équarri de 1685, fut remplacée par une autre construite en pierres. Cette deuxième église fut ouverte au culte le 23 juillet 1719. Cette construction ne fut jamais démolie par la main de l'homme: on laissa le temps accomplir son oeuvre. Encore aujourd'hui peut-on voir à la Pointe-à-la-Caille les vestiges de ses anciennes fondations (photo-ci-contre). Vers 1770, après bien des discussions, on décida de construire une nouvelle église, cette fois près de la Rivière-du-Sud à l'endroit précis où se trouve l'église actuelle. Cette troisième église était construite en pierres et fut ouverte au culte en 1771 par le révérend Jean-Baptiste Maisonbasse. Une quatrième église fut construite en 1822 par le curé Jean-Louis Beaubien. Réparée en 1889 et en 1922, elle fut incendiée le 1er novembre 1948 (photo ci-contre). À ce moment-là, la paroisse Saint-Thomas a cédé une partie de sont territoire pour créer la paroisse Saint-Mathieu.

La construction de la nouvelle église ira de 1949 à 1952. Au lieu d'un temple moderne, on a opté pour la continuité avec l'architecte Albert Leclerc. Cette église de style néo-gothique "aux allures riches et monumentales", comme le souligne Claude Bergeron dans L'Architecture des églises du Québec (P.U.L.), se devait d'être à la hauteur des précédentes.

Toute la décoration, tant extérieure qu'intérieure, reflète le mouvement biblique amorcé au Québec durant cette période et aussi les dévotions chères au pasteur. De plus, Mgr Painchaud a voulu situer l'édification du nouveau temple dans le temps. Raison pour laquelle on peut admirer, entre les fenêtres des transepts, deux fresques. Une de Saint Bruno, patron du 1er évêque du diocèse de Sainte-Anne, Mgr Bruno Desrochers, érigée en 1951 et une autre de Saint Albert Le Grand, patron des six contracteurs qui on participé à a construction de l'église et qui portaient le prénom de Albert.

Un musée est maintenant ouvert au sous-sol de l'église où sont présentés divers objets des dévotions qui ont entretenu la foi de nos ancêtres des 19^e et 20^e siècle.

Nous souhaitons aux visiteurs de notre église
un séjour agréable et instructif.

Jacques Simard, prêtre.